Les MFR proposent des formations par alternance par voie scolaire ou par apprentissage qui ont toutes la même caractéristique : une partie de la formation se déroule en entreprise (au sens large), une autre partie à la MFR. Le maître de stage ou d’apprentissage a un rôle de formateur à part entière.
Le stage est un temps de formation à part entière. Un élève de MFR qui est inscrit dans une formation scolaire par alternance n’est pas un salarié. Lorsqu’il est en stage, il demeure sous statut scolaire. La MFR porte la responsabilité pédagogique du stage qui peut se réaliser dans une entreprise du secteur privé, du secteur public, chez un agriculteur, chez un artisan, dans une collectivité, une structure sanitaire et sociale …